二代測(cè)序?qū)嶒?yàn)室也叫NGS實(shí)驗(yàn)室，在實(shí)驗(yàn)室里可以用高通量測(cè)序技術(shù)為檢測(cè)手段，來(lái)完成臨床疾病篩查、診斷或輔助診斷、腫瘤基因突變檢測(cè)等項(xiàng)目。NGS技術(shù)是精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域中一項(xiàng)非常關(guān)鍵的技術(shù)。精準(zhǔn)診斷離不開(kāi)分子診斷，而NGS技術(shù)是其中最難亦是應(yīng)用最廣的一項(xiàng)分子診斷技術(shù)。因?yàn)镹GS技術(shù)相對(duì)比較復(fù)雜，在建設(shè)NGS實(shí)驗(yàn)室的過(guò)程中，如何運(yùn)用專(zhuān)業(yè)潔凈工程知識(shí)完成一整套嚴(yán)格有序、規(guī)范完整的實(shí)驗(yàn)室內(nèi)部系統(tǒng)工程，是CEIDI西遞設(shè)計(jì)建設(shè)該實(shí)驗(yàn)室的重心所在。
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NGS實(shí)驗(yàn)室設(shè)計(jì)：二代測(cè)序?qū)嶒?yàn)室分區(qū) | CEIDI西遞
NGS實(shí)驗(yàn)室的區(qū)域設(shè)置原則上需要滿(mǎn)足《醫(yī)療機(jī)構(gòu)臨床基因擴(kuò)增檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室工作導(dǎo)則》的要求，在不影響檢測(cè)質(zhì)量的前提下，分區(qū)可依據(jù)實(shí)際情況適當(dāng)合并。NGS實(shí)驗(yàn)室分區(qū)的要求目前在業(yè)內(nèi)存在一定爭(zhēng)議，有專(zhuān)家認(rèn)為分區(qū)設(shè)置必要性不大且浪費(fèi)空間，考慮到目前不同層級(jí)實(shí)驗(yàn)室的管理能力差異較大，為方便實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行質(zhì)量管理，確保檢測(cè)質(zhì)量，建議實(shí)驗(yàn)室至少設(shè)置五個(gè)功能區(qū)：試劑存儲(chǔ)和準(zhǔn)備區(qū)、標(biāo)本與文庫(kù)制備區(qū)、文庫(kù)擴(kuò)增與檢測(cè)區(qū)、測(cè)序區(qū)、數(shù)據(jù)分析與存儲(chǔ)區(qū)。各區(qū)域的功能和相關(guān)要求如下。
1．試劑存儲(chǔ)和準(zhǔn)備區(qū)：
用于消耗品和試劑的存儲(chǔ)和準(zhǔn)備。消耗品和試劑應(yīng)直接運(yùn)送至該區(qū)域，不能經(jīng)過(guò)文庫(kù)制備區(qū)，試劑盒中的陽(yáng)性對(duì)照及質(zhì)控品不能保存在該區(qū)，應(yīng)存儲(chǔ)于標(biāo)本與文庫(kù)制備區(qū)。
2．標(biāo)本與文庫(kù)制備區(qū)：
用于核酸（RNA、DNA）提取與存儲(chǔ)；文庫(kù)制備和雜交捕獲。應(yīng)符合生物安全二級(jí)實(shí)驗(yàn)室防護(hù)設(shè)備、個(gè)人防護(hù)和操作規(guī)范的要求。本區(qū)域設(shè)置正壓條件（通常維持5 Pa的正壓），以避免從鄰近區(qū)進(jìn)入本區(qū)的氣溶膠污染。對(duì)具有潛在傳染危險(xiǎn)性的材料，應(yīng)在生物安全柜內(nèi)開(kāi)蓋和處理，同時(shí)應(yīng)有明確的標(biāo)本處理和滅活程序。若開(kāi)展RNA測(cè)序檢測(cè)，應(yīng)設(shè)置RNA樣本提取和樣本制備特定區(qū)域。
3．文庫(kù)擴(kuò)增與檢測(cè)區(qū)：
文庫(kù)擴(kuò)增、文庫(kù)檢測(cè)與質(zhì)控。為避免氣溶膠所致的污染，應(yīng)盡量減少在本區(qū)內(nèi)的走動(dòng)。所有經(jīng)過(guò)檢測(cè)的反應(yīng)管不得在此區(qū)域打開(kāi)。
4．測(cè)序區(qū)：
用于測(cè)序標(biāo)本上機(jī)檢測(cè)的區(qū)域。如Illumina測(cè)序平臺(tái)的溫度在22℃左右，且溫度波動(dòng)上下不超過(guò)3℃，濕度在30%~75%之間；Thermofisher測(cè)臺(tái)的溫度在20~25 ℃，運(yùn)行溫度不超過(guò)30℃，詳細(xì)要求依照廠(chǎng)商說(shuō)明書(shū)。
5．?dāng)?shù)據(jù)分析與存儲(chǔ)區(qū)：
用于測(cè)序數(shù)據(jù)的分析與存儲(chǔ)。數(shù)據(jù)應(yīng)進(jìn)行安全備份，并與互聯(lián)網(wǎng)物理隔離。規(guī)定原始序列核心數(shù)據(jù)的保存期限。詳細(xì)說(shuō)明并記錄數(shù)據(jù)存儲(chǔ)路徑。應(yīng)說(shuō)明數(shù)據(jù)庫(kù)是否為云端存儲(chǔ)以及數(shù)據(jù)庫(kù)更新的程序和管理要求。
NGS實(shí)驗(yàn)室依據(jù)《生物安全實(shí)驗(yàn)室建筑技術(shù)規(guī)范》二級(jí)生物安全實(shí)驗(yàn)室標(biāo)準(zhǔn)建設(shè)，在此基礎(chǔ)上還需要參考《高通量測(cè)序技術(shù)》進(jìn)一步對(duì)NGS實(shí)驗(yàn)室的各環(huán)境參數(shù)進(jìn)行嚴(yán)格控制，部分要求達(dá)到三級(jí)生物安全實(shí)驗(yàn)室的技術(shù)規(guī)范。一個(gè)規(guī)范的NGS檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室是獲得準(zhǔn)確檢測(cè)結(jié)果的重要保障，在實(shí)驗(yàn)室運(yùn)行過(guò)程中要始終堅(jiān)持“工作有序、互不干擾、防止污染、報(bào)告及時(shí)”的基本準(zhǔn)則。
CEIDI西遞作為NGS實(shí)驗(yàn)室專(zhuān)業(yè)的建設(shè)單位要對(duì)實(shí)驗(yàn)環(huán)境的達(dá)成負(fù)責(zé)，尤其是技術(shù)指標(biāo)的達(dá)成要嚴(yán)謹(jǐn)，充分顧及儀器設(shè)備的環(huán)境因素，例如：放置測(cè)序儀的房間溫度應(yīng)控制在19-25℃，2小時(shí)溫度波動(dòng)要精確控制小于2℃，濕度應(yīng)控制在30%-70%之間。NGS技術(shù)作為強(qiáng)大的醫(yī)學(xué)檢測(cè)技術(shù)，未來(lái)的應(yīng)用會(huì)更加廣泛。
CEIDI西遞也會(huì)在不斷地建設(shè)實(shí)踐過(guò)程中總結(jié)經(jīng)驗(yàn)，以便更好地助力醫(yī)學(xué)研究實(shí)踐的落地工作。
2021-09-22
admin
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